在上一期的内容中，我们已经完成了linux子系统的安装，今天我们将在linux子系统上安装ldsc，这是一个不小的挑战！！！
以下Linux代码用于升级相关软件：
sudo apt-get updatesudo apt-get install --reinstall build-essential
接下来，下载Anaconda的Linux版本（https://www.php.cn/link/07c4e1bc5b4228901136e90dad3209a2。
LDSC最简单的安装方法是按照官方网站提供的步骤（https://www.php.cn/link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e）：
git clone https://www.php.cn/link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e.git # 下载ldsccd ldsc # 进入ldsc文件夹conda env create --file environment.yml # 配置ldsc环境source activate ldsc # 激活ldsc环境./ldsc.py -h # 查看ldsc程序是否能正常运行./munge_sumstats.py -h # 查看munge_sumstats是否能正常运行
如果上述步骤无法完成LDSC的安装，建议按照以下教程进行安装：
首先，自行创建一个名为ldsc的工作环境：
conda create --name ldscsource activate ldsc # 激活并进入ldsc环境
此时，系统的前面会出现(ldsc)这样的小标志，如下图所示：
如果有代理，建议开启代理，这样可以直接使用bioconda下载相关依赖包。如果无法使用代理，可以使用国内的镜像：
conda config --add channels biocondaconda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
接下来，逐步安装所需的软件和安装包：
conda install python=2.7 # 安装python 2.7conda install pybedtools=0.7 # 安装pybedtools 0.7conda install nose=1.3 # 安装nose 1.3conda install bitarray=0.8 # 安装 bitarray 0.8pip install scipy==0.18 # 安装scipy 0.18pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20pip install numpy==1.16 # 安装numpy 1.16export PATH=~/ldsc:$PATH # 配置环境变量echo $PATH
然后，我们输入 ldsc.py -h，如果出现如下页面，说明安装成功：
这样，我们就完成了LDSC的安装，希望能给大家带来帮助。在下一期内容中，我将带大家进行LDSC实例分析和结果解读。
以上就是如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)——LDSC的安装的详细内容，更多请关注创想鸟其它相关文章！
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。
如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 chuangxiangniao@163.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
发布者：程序猿，转转请注明出处：https://www.chuangxiangniao.com/p/13978.html
微信扫一扫 
支付宝扫一扫 
