在之前的文章中，我们介绍了quast和bosco评估软件，今天将为大家带来两款用于可视化拼接序列的软件。这两款软件均可以在windows系统下运行，只需准备好输入文件即可操作，linux系统下的图形化界面也已得到更新，感兴趣的用户可以自行探索。
Tablet可视化
使用Tablet软件可以直观地检查基因组每个位点的覆盖度情况。通过将测序数据与已拼接好的基因组进行bwa比对，可以查看每个位点的覆盖情况，并通过Tablet进行可视化扫描。
# 与拼接结果比对bwa-mem2 index spades.fabwa-mem2 mem -t 12 spades.fa ../data/clean.1.fq.gz ../data/clean.2.fq.gz > spades.samsamtools处理比对结果
samtools sort -@ 12 -o spades.sorted.bam spades.samsamtools index spades.sorted.bam
对spades.fa建立索引
samtools faidx spades.fa
Tablet可视化
mkdir tabletmv spades.fa spades.fa.fai spades.sorted.bam spades.sorted.bam.bai tablet
将上述四个文件（其中两个是索引文件）复制到Windows系统下，即可使用Tablet进行可视化。
Bandage可视化
Bandage（一个用于简化de novo组装图导航的生物信息学应用）是一款用于交互式可视化基因组组装图的软件。它可以直接使用Velvet、SPAdes、Trinity和MEGAHIT等软件的输出结果，支持gfa格式文件。通过Bandage，可以直观地查看有问题的连接区域，从而改善基因组拼接效果。
Bandage提供了缩放和平移图形、自定义可视化、搜索序列和提取序列等多种操作功能。
AGI-Eval评测社区
AI大模型评测社区
63 查看详情
网址：https://www.php.cn/link/a962a696f2d82cff7b5425a562468a46
使用说明：https://www.php.cn/link/fdb2b215aca454782c69bc1ee9a85d81
可以使用SPAdes拼接结果中的fastg和gfa文件导入Bandage软件进行可视化。
最后，感谢大家的关注，我们会尽力持续更新内容。欢迎大家在论坛中互动交流，论坛地址如下，复制到浏览器即可访问，以弥补公众号没有留言功能的不足。
bioinfoer.com
论坛中还设有日常趣事分享等板块，欢迎大家提出建议和意见。
以上就是tablet以及bandage评估的详细内容，更多请关注创想鸟其它相关文章！
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。
如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 chuangxiangniao@163.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
发布者：程序猿，转转请注明出处：https://www.chuangxiangniao.com/p/437169.html
微信扫一扫 
支付宝扫一扫 
