第一篇：gcta学习1 | 抛砖引玉–初步介绍
本文将介绍如何安装GCTA软件。
获取安装包
GCTA的官方下载地址为：https://www.php.cn/link/f8e022748d5214eb5ce98d3f69a0036c
该软件是开源的，其源代码可以在GitHub上找到：https://www.php.cn/link/15b31d721471a77f63036c45b8b63830
Linux系统安装与测试
2.1 下载
在终端中运行以下命令进行下载：
wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta_1.94.0beta.zip
下载完成后，您将看到以下文件：
文件名：
gcta_1.94.0beta.zip
2.2 解压
运行以下命令进行解压：
unzip gcta_1.94.0beta.zip
解压后，您将看到以下文件结构：
gcta_1.94.0beta├── gcta64├── MIT_License.txt├── README.txt├── test.bed├── test.bim├── test.fam└── test.phen
2.3 测试
进入gcta_1.94.0beta文件夹，运行以下命令进行测试：
利用plink的二进制文件，构建G矩阵（使用Yang的方法），生成二进制亲缘关系矩阵。
./gcta64 --bfile test --make-grm --out gmat
运行日志如下：
Options:--bfile test--make-grm--out gmatNote: GRM is computed using the SNPs on the autosomes.Reading PLINK FAM file from [test.fam]...3925 individuals to be included from FAM file.3925 individuals to be included. 1643 males, 2282 females, 0 unknown.Reading PLINK BIM file from [test.bim]...1000 SNPs to be included from BIM file(s).Computing the genetic relationship matrix (GRM) v2 ...Subset 1/1, no. subject 1-3925 3925 samples, 1000 markers, 7704775 GRM elementsIDs for the GRM file have been saved in the file [gmat.grm.id]Computing GRM... 100% finished in 0.3 sec1000 SNPs have been processed. Used 1000 valid SNPs.The GRM computation is completed.Saving GRM...GRM has been saved in the file [gmat.grm.bin]Number of SNPs in each pair of individuals has been saved in the file [gmat.grm.N.bin]
生成的结果文件包括：
豆包爱学
豆包旗下AI学习应用
674 查看详情 
gmat.grm.bin gmat.grm.id gmat.grm.N.bin gmat.log
Windows系统安装与测试
3.1 下载
3.2 解压
3.3 测试
在bin文件夹中打开git终端：
运行以下命令进行测试：
./gcta64.exe --bfile ../test --make-grm --out ../gmat
生成的结果文件如下：
安装成功确认
可以看到，Windows和Linux系统的运行命令是相同的。GCTA也支持Mac系统，与plink类似。
使用提示
为了更方便地使用GCTA，可以将gcta64可执行文件复制到bin文件夹下，这样就可以直接输入gcta64进行分析。
在Windows系统下：
cp gcta64.exe ~/bin/
在Linux系统下：
cp gcta64 ~/bin/
以上就是GCTA学习2 | 软件下载安装–windows和Linux的详细内容，更多请关注创想鸟其它相关文章！
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。
如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 chuangxiangniao@163.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
发布者：程序猿，转转请注明出处：https://www.chuangxiangniao.com/p/452041.html
微信扫一扫 
支付宝扫一扫 
