使用 Numba 优化 Python 嵌套列表搜索:寻找满足特定条件的素数组合

使用 numba 优化 python 嵌套列表搜索:寻找满足特定条件的素数组合

本文旨在解决在 Python 中搜索满足特定条件的素数组合时遇到的性能瓶颈问题。通过利用 Numba 库的即时编译功能,大幅提升代码执行效率,从而在合理时间内找到符合要求的素数组合。文章将详细介绍如何使用 Numba 优化素数判定、组合生成等关键步骤,并提供完整的代码示例和性能分析。

问题描述

我们需要在一个素数列表中,寻找满足以下条件的五个素数 (p1, p2, p3, p4, p5) 的组合:

p1 任意两个素数组合 (例如 p1 和 p2) 形成的两位数 (p1p2 和 p2p1) 也必须是素数。这五个素数的和必须大于 100,000,并且是满足以上条件的最小和。

直接使用 Python 实现这个搜索算法可能会非常缓慢,因为涉及大量的素数判定和组合生成。因此,我们需要寻找一种优化方法来提高代码的执行效率。

解决方案:利用 Numba 进行优化

Numba 是一个 Python 的即时 (JIT) 编译器,它可以将 Python 代码编译成机器码,从而显著提高代码的执行速度。Numba 特别擅长优化数值计算密集型的代码,非常适合解决我们遇到的素数搜索问题。

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以下是使用 Numba 优化后的代码示例:

import numpy as npfrom numba import njit, prange@njitdef prime(a):    """    判断一个数是否为素数.    """    if a < 2:        return False    for x in range(2, int(a**0.5) + 1):        if a % x == 0:            return False    return True@njitdef str_to_int(s):    """    将字符串转换为整数.    """    final_index, result = len(s) - 1, 0    for i, v in enumerate(s):        result += (ord(v) - 48) * (10 ** (final_index - i))    return result@njitdef generate_primes(n):    """    生成小于等于 n 的所有素数.    """    out = []    for i in range(3, n + 1):        if prime(i):            out.append(i)    return out@njit(parallel=True)def get_comb(n=100_000):    # generate all primes < n    primes = generate_primes(n)    n_primes = len(primes)    # generate all valid combinations of primes    combs = np.zeros((n_primes, n_primes), dtype=np.uint8)    for i in prange(n_primes):        for j in prange(i + 1, n_primes):            p1, p2 = primes[i], primes[j]            c1 = str_to_int(f"{p1}{p2}")            c2 = str_to_int(f"{p2}{p1}")            if not prime(c1) or not prime(c2):                continue            combs[i, j] = 1    all_combs = []    for i_p1 in prange(0, n_primes):        for i_p2 in prange(i_p1 + 1, n_primes):            if combs[i_p1, i_p2] == 0:                continue            for i_p3 in prange(i_p2 + 1, n_primes):                if combs[i_p1, i_p3] == 0:                    continue                if combs[i_p2, i_p3] == 0:                    continue                for i_p4 in prange(i_p3 + 1, n_primes):                    if combs[i_p1, i_p4] == 0:                        continue                    if combs[i_p2, i_p4] == 0:                        continue                    if combs[i_p3, i_p4] == 0:                        continue                    for i_p5 in prange(i_p4 + 1, n_primes):                        if combs[i_p1, i_p5] == 0:                            continue                        if combs[i_p2, i_p5] == 0:                            continue                        if combs[i_p3, i_p5] == 0:                            continue                        if combs[i_p4, i_p5] == 0:                            continue                        p1, p2, p3, p4, p5 = (                            primes[i_p1],                            primes[i_p2],                            primes[i_p3],                            primes[i_p4],                            primes[i_p5],                        )                        ccomb = np.array([p1, p2, p3, p4, p5], dtype=np.int64)                        if np.sum(ccomb) < n:                            continue                        all_combs.append(ccomb)                        print(ccomb)                        break    return all_combsall_combs = np.array(get_comb())print()print("Minimal combination:")print(all_combs[np.sum(all_combs, axis=1).argmin()])

代码解释:

@njit 装饰器: 这个装饰器告诉 Numba 将被装饰的函数编译成机器码。prime(a) 函数: 判断一个数是否为素数。str_to_int(s) 函数: 将字符串转换为整数。这个函数是为了将两个素数拼接成一个整数。generate_primes(n) 函数: 生成小于等于 n 的所有素数。get_comb(n) 函数: 这个函数是核心,它生成所有满足条件的素数组合。首先,生成小于 n 的所有素数。然后,生成一个二维数组 combs,用于存储任意两个素数组合是否满足 “组合后也是素数” 的条件。最后,使用嵌套循环遍历所有可能的素数组合,并检查它们是否满足所有条件。@njit(parallel=True) 启用并行计算,进一步加速代码执行。prange 是 Numba 提供的并行循环。

优化要点

Numba 装饰器: 使用 @njit 装饰器可以显著提高代码的执行速度。数据类型: 使用 numpy.uint8 和 numpy.int64 等指定数据类型,可以帮助 Numba 更好地优化代码。并行计算: 使用 @njit(parallel=True) 和 prange 可以利用多核 CPU 并行执行代码。避免 Python 对象: 尽量避免在 Numba 编译的函数中使用 Python 对象,因为这会降低代码的执行速度。例如,使用 numpy 数组代替 Python 列表。

性能分析

使用 Numba 优化后的代码,执行速度得到了显著提升。在我的测试环境中 (AMD 5700X),原始代码可能需要几个小时才能完成计算,而使用 Numba 优化后的代码只需要 1 分钟 20 秒左右。

注意事项

Numba 并非适用于所有 Python 代码。它最适合优化数值计算密集型的代码。在使用 Numba 时,需要注意数据类型和 Python 对象的使用,以确保代码能够被有效地优化。在实际应用中,可以根据具体情况调整 Numba 的优化选项,以获得最佳的性能。

总结

通过使用 Numba 库,我们可以显著提高 Python 代码的执行速度,从而解决在素数搜索等问题中遇到的性能瓶颈。本文提供了一个完整的代码示例和性能分析,希望能够帮助读者更好地理解和应用 Numba 优化技术。

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