【飞桨常规赛】GAMMA中央凹检测 11月第2名方案

本文围绕GAMMA挑战赛黄斑中央凹定位任务展开，使用中山大学提供的200个眼底彩照样本（100训练、100测试）。采用Unet结合heatmap方法，经5折交叉验证训练5个模型，取平均预测结果。通过热力图精确定位，损失函数含方差奖励提升收敛，最高得分9.07791。

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常规赛：黄斑中央凹定位（GAMMA挑战赛任务二）

赛题介绍

一、赛题背景

除了视盘，眼底另一重要结构是黄斑。黄斑在视盘的颞侧0.35cm处并稍下方，处于人眼的光学中心区。黄斑中央的凹陷称为中央凹，是视力最敏锐的地方。因此，实现中央凹的精确定位对眼底疾病自动化诊断至关重要。

二、比赛链接

https://aistudio.baidu.com/aistudio/competition/detail/120/0/introduction

三、赛题任务

根据给定眼底图像彩照，预测中央凹在图像中的坐标值(十字中心坐标)。下图为模型预测结果。             

四、数据说明

本常规赛数据集由中国广州中山大学中山眼科中心提供，数据集中包含200个2D眼底彩照样本，分别为：训练集100个，测试集100个。

常规赛训练集 训练数据集包括100个样本0001-0100，每个样本对应一个2D眼底彩照数据，存储为0001.jpg。黄斑中央凹定位坐标金标准存储在Excel表格中，第一列为图像名称，第二列为x坐标位置，第三列为y坐标位置。            

五、评价指标

评价指标Evaluation Metrics

平均欧式距离(Average Euclidean Distance, AED)是黄斑中央凹定位结果的评价指标，计算每个测试样本预测的黄斑中央凹坐标与金标准的欧式距离（坐标被归一化），最终计算其平均值。该任务的最后得分即为平均欧式距离的倒数：             

六、比赛思路

通过将所有图片翻转为视盘在左，尺寸reshape为1956×1934，在对中央凹的坐标值进行统计分析，发现中央凹位置集中在（608，400）的范围内。因此，对于每张图片，只将关注范围移动到此区域。

由于使用resnet接fc层直接进行坐标回归缺乏空间泛化能力，因此本项目采用Unet结合heatmap的方式进行精确定位。可参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/374842773

为了更准确地评价模型，采用了5折交叉验证分别训练5个模型，为了确保每个训练数据对最终模型的预测都做出贡献，取这5个模型的平均作为预测结果。

通过提高热力图的最大值(10)，提升了模型的收敛速度；在损失函数里添加了模型输出的方差奖励，奖励模型输出比较集中在一个区域。

模型效果展示

左边对应模型预测的热力图，右侧对应原图和十字中央凹位置。可以看到模型输出的热力图集中在中央凹附近。

获取数据集，解压数据，获取预训练模型，代码包

In [ ]

#获取数据集!wget https://dataset-bj.cdn.bcebos.com/%E5%8C%BB%E7%96%97%E6%AF%94%E8%B5%9B/task2_Fovea_localization.zip#解压数据集到/data文件夹!unzip -oq task2_Fovea_localization.zip -d ./data#解压已经炼好的模型，大家可以在此基础上再继续精炼import osos.mkdir('./model')!unzip -oq data/data120091/炼好的模型.zip -d ./model

代码部分

一、导入基本模块

In [1]

#导入相关包，函数from work.my_func.data_process import transfer_img_location,get_gauss_map,dark_kernel_processfrom work.my_func.data_info import train_lr,train_size,test_lr,test_size,get_img_pathfrom work.my_func.model import Unetimport paddleimport paddle.nn as nnimport paddle.nn.functional as Ffrom paddle.io import Dataset,DataLoaderfrom paddle.nn import Linear,Dropout,BatchNorm1Dimport numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport randomimport warningsfrom PIL import Image# 忽略警告输出warnings.filterwarnings("ignore")paddle.set_device('gpu')paddle.disable_static()

/opt/conda/envs/python35-paddle120-env/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/__init__.py:107: DeprecationWarning: Using or importing the ABCs from 'collections' instead of from 'collections.abc' is deprecated, and in 3.8 it will stop working  from collections import MutableMapping/opt/conda/envs/python35-paddle120-env/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/rcsetup.py:20: DeprecationWarning: Using or importing the ABCs from 'collections' instead of from 'collections.abc' is deprecated, and in 3.8 it will stop working  from collections import Iterable, Mapping/opt/conda/envs/python35-paddle120-env/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/colors.py:53: DeprecationWarning: Using or importing the ABCs from 'collections' instead of from 'collections.abc' is deprecated, and in 3.8 it will stop working  from collections import Sized

二、数据分析

In [5]

#接收转换后的位置transfer_location_x = []transfer_location_y = []#遍历训练数据for index in range(100):    _,location = transfer_img_location(index,lr=train_lr[index],size=train_size[index],mode='train')    transfer_location_x.append(location[0])    transfer_location_y.append(location[1])#分析结果print('x的波动范围：{}'.format(np.max(transfer_location_x) - np.min(transfer_location_x)))print('y的波动范围：{}'.format(np.max(transfer_location_y) - np.min(transfer_location_y)))print('x的中值：{}'.format((np.max(transfer_location_x) + np.min(transfer_location_x))/2))print('y的中值：{}'.format((np.max(transfer_location_y) + np.min(transfer_location_y))/2))print('中央凹分布如下')plt.scatter(transfer_location_x,transfer_location_y)plt.show()

x的波动范围：487.3958480000001y的波动范围：282.36016400000017x的中值：1139.385184y的中值：1038.351979中央凹分布如下

三、构建训练数据集

In [2]

#列表乱序，随机切分数据集random.seed(1024)all_data = [i for i in range(100)]random.shuffle(all_data)class TrainData(Dataset):    def __init__(self,fold_num):        #传入折数，1,2,3,4,5其中一个        super(TrainData,self).__init__()        self.num_samples = 80        self.fold_num = fold_num        self.sample_list = list(set(all_data) - set(all_data[(self.fold_num-1)*20:(self.fold_num-1)*20+20]))    #获取训练数据样本id    def __getitem__(self, index):        #读取图片和标签        index = self.sample_list[index]        img,location = transfer_img_location(index,lr=train_lr[index],size=train_size[index],mode='train')  #加载图片，位置        #以中央凹为中心，对图片做随即平移，防止网络只输出一个常量        #由于在训练时，每次看到的图片都不一样（平移量不一样），所以训练的epoch要多一点100或200轮        x,y = location        x,y = int(x),int(y)        move_x = random.randint(-240,240)        move_y = random.randint(-180,180)        x = x + move_x        y = y + move_y        img = img[:,x-304:x+304,y-200:y+200]        #转换输出类型为np.array,'float32'        features = np.array(img).astype('float32')        labels = np.array(get_gauss_map((304-move_x,200-move_y),sigma=1,r=80)).astype('float32') #标签是热力图的形式        return features,labels    def __len__(self):        return self.num_samples

四、定义模型评估方法

In [3]

#epoch:训练轮次，方便模型命名#train_size:计算归一化欧式距离#model:评估的模型#fold_num:与训练数据集相对应，使用剩下的20个样本进行评估#visual_avalible:是否可视化模型输出与输入图片，默认为Falsedef evaluation(epoch,train_size,model,fold_num,visual_avalible=False):     model.eval()    ED = 0      #归一化欧氏距离    valid_sample = all_data[(fold_num-1)*20:(fold_num-1)*20+20]    for index in valid_sample:        #加载数据，标签        img,location = transfer_img_location(index,lr=train_lr[index],size=train_size[index],mode='train')        img = img[:,836:1444,840:1240]        features = np.array(img).astype('float32')        labels = np.array(get_gauss_map(location)).astype('float32')        #模型预测        features = paddle.to_tensor([features])        pre = model(features)[0].numpy()                #由于模型极少情况下预测的热力图是空白，因此分类讨论输出        if np.sum(pre) < 1000:            pre_x,pre_y = 304+80,200+40        else:            pre_x,pre_y = dark_kernel_process(pre[0])  #效果最好        #计算ED        x,y = np.array(location) - np.array([836,840])        if train_size[index] == 1:            ED = ED + (((pre_x - x)/2992)**2 + ((pre_y - y)/2000)**2)**(1/2)        else:            ED = ED + (((pre_x - x)/1956)**2 + ((pre_y - y)/1934)**2)**(1/2)        #可视化模型输出与输入图片        if visual_avalible:            print('第{}张图片'.format(index+1))            plt.subplot(121)            plt.imshow(pre[0].transpose(1,0))            plt.subplot(122)            plt.imshow(img.transpose(2,1,0))            plt.show()    ED = ED / 20    print('epoch:{},ED:{}'.format(epoch,ED))    #对效果较好的模型进行保存    if ED < 0.009:        paddle.save(model.state_dict(), 'model/model{}_ED{}.pdparams'.format(fold_num,ED)) #保存模型参数    model.train()

五、定义动态图训练过程

In [4]

#传入三个参数model,opt,fold_num#建议使用GPU32G环境运送此项目def train(model,opt,fold_num,EPOCH_NUM=200,visual_avalible=False):    #加载预训练模型再训练时，可将此处设置为100    use_gpu = True    paddle.set_device('gpu:0') if use_gpu else paddle.set_device('cpu')    model.train()    for epoch_id in range(EPOCH_NUM):        for batch_id,data in enumerate(train_loader()):            #读取数据            features,labels = data            features = paddle.to_tensor(features)            labels = paddle.to_tensor(labels)            #前向传播            predicts = model(features)            #使用均方误差，同时增加了对模型方差的控制，希望模型的预测热力图能集中在一个区域，因此需要增加方差，在代价函数中采用-0.0005的系数            loss = F.square_error_cost(predicts,labels) - 0.0005 * paddle.var(predicts)            #反向传播            avg_loss = paddle.mean(loss)            avg_loss.backward()            #更新参数            opt.step()            #变量梯度清0            opt.clear_grad()            #打印损失            if batch_id % 3 == 0:                print('epoch_id:{},loss:{}'.format(epoch_id,avg_loss.numpy()))                evaluation(epoch_id,train_size,model,fold_num,visual_avalible=visual_avalible)  #需要可视化时，添加visual_avalible=True

六、训练模型并保存

In [ ]

'''由于训练每个模型需要20G以上显存，因此训练好一个模型以后，请重启内核再训练下一个模型，防止显存溢出。'''#加载模型model = Unet()#加载预训练模型，预训练模型是在100个样本上进行的训练layer_state_dict = paddle.load("model/model_epoch201_batch22_loss[0.46564353].pdparams")model.set_state_dict(layer_state_dict)#定义优化器opt = paddle.optimizer.Adam(learning_rate=5e-4,parameters=model.parameters(),weight_decay=paddle.regularizer.L2Decay(coeff=0.001))#定义fold_num,从1到5共训练五个模型fold_num = 1    train_data = TrainData(fold_num)        train_loader = DataLoader(train_data,batch_size=10,shuffle=True,drop_last=False)    #batch_size不要过大#模型训练train(model,opt,fold_num,EPOCH_NUM=10,visual_avalible=False)

七、加载全部模型进行预测并提交结果

In [2]

#加载模型model1 = Unet()model1.set_state_dict(paddle.load("model/model1_ED0.008243825249706058.pdparams"))model1.eval()model2 = Unet()model2.set_state_dict(paddle.load("model/model2_ED0.00708214607276843.pdparams"))model2.eval()model3 = Unet()model3.set_state_dict(paddle.load("model/model3_ED0.008693393679250788.pdparams"))model3.eval()model4 = Unet()model4.set_state_dict(paddle.load("model/model4_ED0.00877534777237888.pdparams"))model4.eval()model5 = Unet()model5.set_state_dict(paddle.load("model/model5_ED0.007696413964666473.pdparams"))model5.eval()model_list = [model1,model2,model3,model4,model5]#生成预测结果predict_list = []print('解算开始...')for index in range(100):    #载入测试数据    img,location = transfer_img_location(index,lr=test_lr[index],size=test_size[index],mode='test')    img = img[:,836:1444,840:1240]    features = np.array(img).astype('float32')    labels = np.array(get_gauss_map(location)).astype('float32')    features = paddle.to_tensor([features])    '''    这里的方法是对每个热力图做黑核搜索然后将坐标平均；另一种做法是先对热力图做平均，在对其使用黑核搜索（推荐尝试）    '''    PreX,PreY = 0,0    for model in model_list:        pre = model(features)[0].numpy()        if np.sum(pre) < 1000:            pre_x,pre_y = 304+80,200+40        else:            pre_x,pre_y = dark_kernel_process(pre[0],kernel_size=80)  #使用黑核搜索将热力图转为标签        PreX = pre_x + PreX        PreY = pre_y + PreY    PreX = PreX / 5    PreY = PreY / 5    PreX = PreX + 1140-304    PreY = PreY + 1040-200    if test_lr[index] == 1:        PreX = 1956 -PreX    if test_size[index] == 1:        PreX = PreX + 518        PreY = PreY + 33    print('图片：{}，预测结果：{}'.format(index+101,[PreX,PreY]))    predict_list.append([PreX,PreY])print('解算完毕！')#生成csv文件pre_list = []for index in range(100):    pre_list.append([index+101] + predict_list[index])dataframe = pd.DataFrame(pre_list)dataframe.columns=['data','Fovea_X','Fovea_Y']#最高得分9.07791dataframe.to_csv('pre{}.csv'.format(3),sep=',',index=False)  #format里自设数字，区分开提交的版本即可

W1208 23:56:22.475440  6042 device_context.cc:447] Please NOTE: device: 0, GPU Compute Capability: 7.0, Driver API Version: 10.1, Runtime API Version: 10.1W1208 23:56:22.481185  6042 device_context.cc:465] device: 0, cuDNN Version: 7.6.

解算开始...图片：101，预测结果：[1508.0, 1040.6]图片：102，预测结果：[1476.0, 1045.4]图片：103，预测结果：[1467.2, 1061.8]图片：104，预测结果：[1470.8, 1019.0]图片：105，预测结果：[1690.8, 1078.2]图片：106，预测结果：[1693.2, 1083.4]图片：107，预测结果：[726.4000000000001, 1015.5999999999999]图片：108，预测结果：[1494.8, 1057.0]图片：109，预测结果：[1687.2, 1095.4]图片：110，预测结果：[1446.0, 1080.2]图片：111，预测结果：[1674.0, 1085.8]图片：112，预测结果：[1472.0, 1037.0]图片：113，预测结果：[1442.8, 1097.4]图片：114，预测结果：[1451.6, 1011.4000000000001]图片：115，预测结果：[1468.0, 1033.4]图片：116，预测结果：[1246.4, 1103.8]图片：117，预测结果：[680.4000000000001, 999.2]图片：118，预测结果：[1489.2, 1035.0]图片：119，预测结果：[1692.8, 1090.2]图片：120，预测结果：[1683.6, 1102.6]图片：121，预测结果：[1463.2, 1051.4]图片：122，预测结果：[1260.4, 1100.6]图片：123，预测结果：[1488.8, 1033.0]图片：124，预测结果：[1467.2, 1038.2]图片：125，预测结果：[1690.8, 1063.4]图片：126，预测结果：[1257.2, 1121.4]图片：127，预测结果：[1288.4, 1205.8]图片：128，预测结果：[1389.2, 1034.2]图片：129，预测结果：[1532.0, 1056.6]图片：130，预测结果：[1476.0, 1052.2]图片：131，预测结果：[1496.0, 1008.2]图片：132，预测结果：[1466.4, 1072.6]图片：133，预测结果：[1483.2, 1056.2]图片：134，预测结果：[1546.8, 1030.6]图片：135，预测结果：[1266.0, 1101.8]图片：136，预测结果：[1513.6, 1032.2]图片：137，预测结果：[750.8, 1011.5999999999999]图片：138，预测结果：[1506.0, 1021.8]图片：139，预测结果：[1446.0, 1067.0]图片：140，预测结果：[1550.4, 1056.6]图片：141，预测结果：[1303.2, 1085.0]图片：142，预测结果：[1239.2, 1093.8]图片：143，预测结果：[1458.4, 1055.4]图片：144，预测结果：[1481.6, 1059.4]图片：145，预测结果：[1480.4, 1047.0]图片：146，预测结果：[1486.0, 1042.6]图片：147，预测结果：[1678.4, 1094.6]图片：148，预测结果：[1514.0, 1043.8]图片：149，预测结果：[1496.0, 1041.4]图片：150，预测结果：[1452.4, 1015.0]图片：151，预测结果：[1688.8, 1097.4]图片：152，预测结果：[1244.8, 1093.0]图片：153，预测结果：[1441.6, 1033.0]图片：154，预测结果：[1239.6, 1087.4]图片：155，预测结果：[1509.2, 1025.8]图片：156，预测结果：[1466.4, 1053.0]图片：157，预测结果：[1468.0, 1029.8]图片：158，预测结果：[1252.8, 1126.6]图片：159，预测结果：[1554.8, 1035.8]图片：160，预测结果：[661.5999999999999, 997.5999999999999]图片：161，预测结果：[1276.4, 1093.8]图片：162，预测结果：[1478.0, 1049.0]图片：163，预测结果：[1258.4, 1100.6]图片：164，预测结果：[1488.8, 1042.2]图片：165，预测结果：[1680.4, 1104.2]图片：166，预测结果：[1669.2, 1085.0]图片：167，预测结果：[1252.4, 1111.0]图片：168，预测结果：[1255.2, 1095.8]图片：169，预测结果：[1436.0, 1034.6]图片：170，预测结果：[1456.8, 1043.4]图片：171，预测结果：[1824.0, 999.8]图片：172，预测结果：[1468.4, 1067.0]图片：173，预测结果：[1690.4, 1099.4]图片：174，预测结果：[1442.8, 1023.4000000000001]图片：175，预测结果：[1296.0, 1097.4]图片：176，预测结果：[1708.8, 1112.6]图片：177，预测结果：[666.0, 1018.0]图片：178，预测结果：[1694.4, 1078.6]图片：179，预测结果：[1348.0, 1107.8]图片：180，预测结果：[1429.6, 1029.0]图片：181，预测结果：[1268.4, 1100.2]图片：182，预测结果：[1474.8, 1030.6]图片：183，预测结果：[714.8, 1008.0]图片：184，预测结果：[1502.4, 1043.0]图片：185，预测结果：[1418.0, 1007.4000000000001]图片：186，预测结果：[1317.6, 1044.6]图片：187，预测结果：[1444.4, 1008.2]图片：188，预测结果：[1272.0, 1108.2]图片：189，预测结果：[1246.0, 1103.8]图片：190，预测结果：[1510.4, 1045.8]图片：191，预测结果：[1457.6, 1042.2]图片：192，预测结果：[1691.2, 1095.0]图片：193，预测结果：[714.0, 1002.4000000000001]图片：194，预测结果：[1458.0, 1073.0]图片：195，预测结果：[1469.6, 1041.4]图片：196，预测结果：[1498.8, 1032.2]图片：197，预测结果：[1318.4, 1109.0]图片：198，预测结果：[1606.8, 1042.6]图片：199，预测结果：[1468.8, 1043.8]图片：200，预测结果：[1472.8, 1059.4]解算完毕...

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