一、增值税
1、税率差异
仓储服务
属于增值税现代服务-物流辅助服务，增值税税率为3%或6%(可选择简易计税);
注：仓储服务一般纳税人如果选用简易计税，按3%缴纳增值税，则不能抵扣进项税额。
不动产租赁
增值税税率为5%或9%，增值税处理相对复杂：
1)一般纳税人：
出租房于营改增之前取得的不动产用于出租，可以选择按简易计税5%缴纳增值税;反之，则需要按照9%缴纳增值税。
注：若不动产与出租方机构所在地不在同一县(市、区)的需要在不动产所在地缴纳增值税。
依据国家税务总局公告2016年第16号，关于发布《纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法》的公告。
“第三条一般纳税人出租不动产，按照以下规定缴纳增值税
(一)一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。不动产所在地与机构所在地不在同一县(市、区)的，纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县(市、区)的，纳税人向机构所在地主管税务机关申报纳税。
(二)一般纳税人出租其2016年5月1日后取得的不动产，适用一般计税方法计税。不动产所在地与机构所在地不在同一县(市、区)的，纳税人应按照3%的预征率向不动产所在地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县(市、区)的，纳税人应向机构所在地主管税务机关申报纳税。一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产适用一般计税方法计税的，按照上述规定执行。”
作为转租方，营改增之前签订的转租协议可按5%缴纳增值税，但再续租时就应按照9%的税率缴纳增值税了，因为续租时取得房屋使用权的时点已更新到营改增时间点之后。
2)小规模纳税人：
a、出租住房
自然人、个体工商户都可按1.5%缴纳增值税;
b、出租非住房
按5%的征收率缴纳增值税;
“第四条小规模纳税人出租不动产，按照以下规定缴纳增值税：
(一)单位和个体工商户出租不动产(不含个体工商户出租住房)，按照5%的征收率计算应纳税额。个体工商户出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额。不动产所在地与机构所在地不在同一县(市、区)的，纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县(市、区)的，纳税人应向机构所在地主管税务机关申报纳税。
(二)其他个人出租不动产(不含住房)，按照5%的征收率计算应纳税额，向不动产所在地主管税务机关申报纳税。其他个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额，向不动产所在地主管税务机关申报纳税。”
依据国家税务总局公告2016年第23号，关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告。
开具不动产租赁发票时还应注意：
“(五)出租不动产，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在备注栏注明不动产的详细地址。”
二、印花税
《仓储保管合同》按仓储、保管合同缴纳印花税，依据仓储保管费用千分之一贴花;《不动产租赁合同》按财产租赁合同缴纳印花税，依据租赁金额的千分之一贴花，税额不足一元的按一元贴花。
印花税所涉税率虽然相同，但是两种业务所涉税目并不相同。
注：印花税的计税依据为不含增值税的合同价款，因此合同签订时一定要价税分离，列明不含税金额。
三、城镇土地使用税
物流企业提供仓储服务或可使用城镇土地使用税减半征收的政策，但适用前提是仓储占地需达到6000㎡以上，而且必须储存“农产品和农业生产资料“或”矿产品和工业原材料”，储藏保管其他物品是不适用政策的。
依据财政部 税务总局公告2020年第16号，关于继续实施物流企业大宗商品仓储设施用地城镇土地使用税优惠政策的公告
“一、自2020年1月1日起至2022年12月31日止，对物流企业自有(包括自用和出租)或承租的大宗商品仓储设施用地，减按所属土地等级适用税额标准的50%计征城镇土地使用税。”
注：物流企业的办公、生活区用地及其他非直接用于大宗商品仓储的土地，不属于规定的减税范围，应按规定征收城镇土地使用税。
四、企业所得税
无论是签订不动产租赁合同或是仓储保管合同，都会引起场地使用权在一定时间段内的转移，因此出租方(保管方)在经营租赁(仓储服务期)内收取的租金(服务费)都应当在租赁期(服务期)内的各个期间按直线法确认为收入。
如果其他分摊方法更加合理，也可以采用其他方法。在提供免租期(免费服务期)的情况下，应将租金(服务费)的总额在整个租赁期(仓储期)内，而不是在租赁期(仓储期)扣除免租期(免费服务期)后的期间内分摊。在出租人承担了承租人的某些费用的情况下，应将该费用从租金总额中扣除，并将租金余额在整个租赁期内进行分摊。
简单地理解，租金(仓储)收入在收到时即已触发增值税纳税义务，而企业所得税及财务账务处理应将租金(仓储)收入的总额按月分摊计入各所属期间内。
过去我们也许很难区分不动产(场地)租赁与仓储服务，但伴随着线上零售业的爆发式增长，仓储服务也迎来了春天。仓储的自动化甚至不再让我们感到新鲜，伴随着5G、人工智能以及传感技术对产业物联网的革新，仓储行业早已不再只是提供场地保管那么单一化的服务，在不远的将来我们都将一起见证传统行业的又一波自我突破。
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